Институт располагает 957 стационарными койками, из них 156 реанимационные койки и 46 коек скорой медицинской помощи краткосрочного пребывания, кроме того, 2 койки дневного стационара Центра радиохирургии и 10 коек стационара кратковременного пребывания (СКП).
В ГБУЗ «НИИ СП им. Н.В. Склифосовского ДЗМ» работает Учебный центр, в котором ежегодно обучаются до 200 клинических ординаторов. Открыта аспирантура по специальностям: хирургия; нейрохирургия; трансплантология и искусственные органы. Ежемесячно проводятся курсы повышения квалификации со сдачей сертификационного экзамена для врачей. Проводится обучение по программам тематических усовершенствований. Дважды в год проводится обучение врачей-специалистов по программам профессиональной переподготовки, направленное на приобретение новой квалификации.
ГБУЗ «НИИ СП им. Н.В. Склифосовского ДЗМ» является соучредителем 2 научно-практических обществ, работающих на его базе: МОО «Научно-практическое общество врачей неотложной медицины» и МОО «Общество трансплантологов».
Совместно с этими обществами Институт проводит научно-практические мероприятия и выпускает журналы «Неотложная медицинская помощь» и «Трансплантология», входящие в перечень рецензируемых научных изданий, рекомендуемых ВАК РФ для опубликования в них основных результатов диссертаций на соискание ученой степени кандидата и доктора наук.
