Как хирург Н. В. Склифосовский пользовался заслуженной мировой славой. Можно сказать, что во второй половине XIX в. среди хирургов он был наиболее крупной фигурой. Как истинный ученик и последователь Пирогова, Н. В. Склифосовский тщательно изучал анатомию, уделяя много времени вскрытию трупов. Уже в начале своей работы в Одессе он обычно после занятий в операционной и палатах шёл заниматься изучением топографической анатомии и оперативной хирургии. Его не смущало плохое оборудование секционной, отсутствие вентиляции. Он засиживался за изучением анатомии иногда до полного изнеможения, так что однажды его нашли лежавшим около трупа в состоянии глубокого обморока.
Занимаясь всю жизнь научной хирургией, Н. В. Склифосовский сделал много для организации науки в России. Он был образцом служения родине: он - член-учредитель Общества русских врачей, член Московского хирургического общества, в котором принимал активное участие; он был членом-учредителем и председателем 1-го и 6-го съездов хирургов. Большое значение до Великой Октябрьской социалистической революции имели Пироговские съезды. Н. В. Склифосовский был организатором, почётным председателем и активным участником этих съездов. Особенно ярко организационная деятельность Н. В. Склифосовского выразилась в блестящем проведении в Москве 12-го Международного съезда хирургов в 1897 г., а также в организации медицинского образования как в Московском университете, где он был 8 лет деканом медицинского факультета, так и в Петербурге - в должности директора Института усовершенствования врачей.