Сегодня НИИ СП им. Н.В. Склифосовского — это динамично развивающийся элемент современной образовательной системы России в целом и подготовки врачей высшей квалификации в частности. В рамках современной, динамично развивающейся образовательной среды, институт осуществляет подготовку обучающихся по специальностям ординатуры и направлениям аспирантуры. Бесспорными преимуществами института в подготовке будущих врачей и исследователей являются первоклассная материально-техническая база и высокий уровень научных разработок, нашедших признание не только в России, но и за рубежом, а неоспоримой особенностью высокого качества образования – внедрение новых разработок и методик в образовательный процесс.
С 1923 г. в институте обучались врачи-стажеры под руководством ведущих хирургов того времени. В 60–80-е годы институт являлся практической базой ряда учебных ВУЗ'ов (I ММИ им. И.М. Сеченова, Центрального института усовершенствования врачей, Московского медицинского стоматологического института), базой практической подготовки для целевых клинических ординаторов и интернов Москвы. И хотя самостоятельной учебной части не существовало, последипломная подготовка врачей институтом осуществлялась достаточно качественно в организационно-методическом отделе.
В этот период времени в институте стали вырабатываться и определяться передовые методы диагностики и лечения. Этот раздел работы получил в дальнейшем признание, выразившееся в том, что на базе института в 1930 г. были организованы две кафедры Центрального института усовершенствования врачей, а в 1932 г. создана кафедра военно-полевой хирургии.
Кафедру неотложной хирургии возглавил проф. С.С. Юдин, а кафедру неотложной терапии – проф. А.Н. Крюков. В.В. Гориневская, руководитель травматологического отделения, возглавила кафедру клинической и военно-полевой хирургии.
В 1944 г. вышел приказ Народного Комиссариата здравоохранения № 2 от 2 января, в котором институту была определена задача передачи врачам столицы и Советского Союза эффективных методов и способов оказания скорой медицинской помощи. Для повышения квалификации районных хирургов при Институте им. Н.В. Склифосовского был создан лекторий. Еженедельно высококвалифицированными хирургами читались лекции на темы: «Организация и направление работы травматологического пункта» (Б.В. Нифонтов), «О принципах лечения мелких травм» (проф. Б.А. Петров), «Метод «мыльная обработка ран» (В.Н. Ходков), «Организация амбулаторной неотложной хирургической помощи в поликлиниках и здравпунктах» (В.Н. Линдеман) и др.
Воспитание и подготовка молодых специалистов, как и раньше, составляют первостепенную задачу Института им. Н.В. Склифосовского.
В 90-е годы ХХ столетия государственная позиция по отношению к НИИ, осуществлявшим последипломную стажировку врачей, изменилась. НИИ наряду с вузами получили возможность осуществления полной подготовки (как практической, так и теоретической) в сфере послевузовского и дополнительного образования. Приказом № 385 от 13.12.92 г. в НИИ скорой помощи им. Н.В. Склифосовского была организована лаборатория послевузовского обучения.
В 1996 г. с введением нового варианта закона «Об образовании» лаборатория послевузовского образования была трансформирована в учебно-клинический отдел последипломной подготовки.