За свою многолетнюю историю заслуги коллектива Института неоднократно были отмечены высшими органами государства и города Москвы.
Наиболее значимые награды
Орден Ленина (Указ Президиума Верховного Совета СССР от 14 августа 1973 г.).
Орден Трудового Красного Знамени (Указ Президиума Верховного Совета СССР от 22 июля 1960 г.)
Институт награжден также большим количеством дипломов и грамот, свидетельствующих о его значительном вкладе в здравоохранение страны и в ее социально-экономическое развитие.
Заслуги многих сотрудников Института, работавших в нем в разные годы также отмечены государством и международным медицинским сообществом.
Лауреаты
Ленинской премии
- Юдин С.С. (1962, посмертно)
- Брюхоненко С.С. (1965, посмертно)
Сталинской премии
- Юдин С.С. (1942, 1948)
- Арапов Д.А. (1949)
- Андросов П.И. (1951)
- Петров Б.А. (1952)
Государственной премии СССР
- Русаков А.В. (1967)
- Кузьмичев А.П. (1974)
- Лужников Е.А. (1979)
- Герасимова Л.И. (1980)
- Каншин Н.Н. (1984)
- Пермяков Н.К. (1984)
- Демихов В.П. (1988)
- Гальперин Ю.М. (1989)
- Попова Т.С. (1989)
Государственной премии РФ
- Лебедев В.В. (1995)
- Демихов В.П. (1998)
- Бранд Я.Б. (2001)
- Соколов В.В. (2003)
- Крылов В.В. (2004)
премии Правительства РФ
- Хубутия М.Ш. (1997)
- Голиков А.П. (1999)
- Лужникова Е.А. (1999)
- Соколов В.В. (2001)
- Гринь А.А. (2014)
- Крылов В.В. (2014)
именных премий
- Юдин С.С. (1925, им. Ф.А. Рейна)
- Юдин С.С. (1938, им. С.П. Федорова)
- Демихов В.П. (1951, АМН СССР им. Н.Н.Бурденко)
- Русаков А.В. (1961, АМН СССР им. А.И. Абрикосова)
- Петров Б.А. (1973, АМН СССР им. С.И. Спасокукоцкого)
- Голиков А.П. (1981, АМН СССР им. Г.Ф. Ланга)
- Пермяков Н.К. (1983, АМН СССР им. А.И. Абрикосова)
- Голиков А.П. (2001, РАМН им. А.Л. Мясникова)
- Голиков А.П. (1999, золотая медаль им. И.П. Павлова)
- Герасимова Л.И. (2000, им. А.Л.Чижевского)
- Демихов В.П. (2003, «Golden Hippocrates» (м/нар., посмертно)
премии мэрии Москвы
- Лужников Е.А., Гольдфарб Ю.С., Маткевич В.А., Савина А.С., Ильяшенко К.К., Суходолова Г.Н., Каштанова И.С. (1994)
- Лебедев В.В., Крылов В.В., Иоффе Ю.С., Мятчин М.Ю., Гельфенбейн М.С., Куксова Н.С., Захаров А.Г., Карамышев Р.А., Сумский Л.И. (1995)
- Ермолов А.С., Васина Т.А. (1996)
- Голиков А.П., Газарян Г.А., Рябинин В.А., Лукьянов М.М, Руднев Д.В., Спасский А.А., Зверева Т.В.. (1997)
- Ермолов А.С., Абакумов М.М., Владимирова Е.С., Лебедев В.В., Клюквин И.Ю., Крылов В.В., Охотский В.П., Погодина А.Н. (1997)
- Смирнов С.В., Герасимова Л.И., Логинов Л.П., Спиридонова Т.Г., Шахламов М.В., Артемова В.В., Кондрикова Е.С., Соколова Т.А. (1998)
- Бранд Я.Б., Васильев А.В., Чумаков М.В. (2004)
- Ермолов А.С., Абакумов М.М., Владимирова Е.С., Донова Л.В., Черная Н.Р. (2004)
- Леменев В.Л. Алексеечкина О.А., - Ахметов В. В (2005)
- Хубутия M.Ш., Ермолов А.С., Смирнов С.В., Хватов В.Б., Жиркова Е.А., Сычевский М.В., Истранов Л.П.(2008)
- Абакумов М.М., Попова Т.С., Пахомова Г.В., Чжао А.В., Тропская Н.С., Петриков С.С., Журавель С.В., Спиридонова Т.Г., Киселев В.В.. Рык А.А (2010)
- Александрова И.В., Гуляев В.А., Джаграев К.Р., Донова Л.В., Новрузбеков М.С., Хубутия М.Ш., Чугунов А.О. (2013)
